El Neolítico es la última etapa de la Edad de Piedra y en ella encontramos herramientas de piedra más y mejor trabajadas. Dentro del neolítico egipcio podemos distinguir tres periodos principales: el neolítico temprano (8800-6800 a.C.), el medio (6500-5100 a.C.) y el final (5100-4700 a.C.).
La información más completa del Neolítico Temprano procede de los yacimientos cercanos a Nabta Playa y Bir Kiseiba. La mayoría de ellos son pequeños yacimientos temporales de cazadores-recolectores, ya que el sedentarismo todavía no se conocía.
Todos los yacimientos del Neolítico Temprano han producido fragmentos de cerámica, si bien en cantidades muy pequeñas. Los recipientes son de formas muy sencillas, pero están cuidadosamente elaborados y cocidos, así como decorados con líneas y puntos incisos.
Fue durante el Neolítico Medio y el Neolítico Final cuando la ocupación humana del Desierto Occidental alcanzó su apogeo y por eso los yacimientos de esta época son muy numerosos.
Es probable que los grandes yacimientos cercanos a los lagos con playa fueran asentamientos permanentes, mientras que los más pequeños serían resultado de la presencia de pastores y tendrían un carácter más temporal.
En Nabta Playa, una zona situada en el desierto de Nubia, se ha descubierto un notable complejo megalítico junto a un yacimiento del Neolítico Final excepcionalmente grande.
Si bien su función no está del todo clara, estas construcciones megalíticas son una expresión de "arquitectura pública" y, por lo tanto, hacen referencia a una sociedad cada vez más compleja.
Por otro lado, no poseemos información sobre la población humana del valle del Nilo entre los años 7000 y 5400 a.C.
A partir de 4900 a.C. el desierto se va volviendo cada vez más inhabitable por el cambio climático, pero unas pocas zonas siguieron ocupadas durante la época histórica.
En el oasis de Dakhla se han diferenciado varias unidades arqueológicas cuyas fases principales se conocen como Masara, Bashendi y Sheikh Muftah.
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